Արցախեան շարժման առաջին օրերէն Ազգալդեանը ներգրաւած է ազգային-ազատագրական պայքարին: 1990 թուականի Փետրուարէն վարած է «Անկախութեան բանակի» հրամանատարութիւնը, կազմակերպած է շարք մը շրջաններու եւ յատկապէս Վարդենիսի ինքնապաշտպանութիւնը:

Ազգալդեանն իր ճակատագիրն ամբողջութեամբ կապեր է Արցախի ազատամարտի հետ, սկիզբը գործելով Գետաշենի եւ Շահումեանի, այնուհետեւ՝ Մարտակերտի շրջաններուն։ 1991 թուականի Հունիսին ստեղծեր է «Ազատագրական բանակ» ռազմական կազմակերպութիւնը:

Հրամանատար Լեոնիդ Ազգալդեանը նոյն կերպ կը մտածէր նաեւ Արեւմտեան Հայաստանի մասին, ան Կիլիկիայի հպարտ  կամաւորներու շարունակութիւնն է, ովքեր կը պայքարէին Կիլիկիան ազատագրելու համար։ Միակ տարբերութիւնն այն է, որ   հրամանատար Լեոնիդ Ազգալդեանը չէ պայքարած ոչ մէկ դրոշի համար, ան կռուեր է հայ ժողովուրդի եւ պատմական հայրենիքի ազատագրման համար: 

 Զինուորներու համար Լեոնիդը հեղինակութիւն էր եւ իւրօրինակ հրամանատար, ով միշտ կանգնած էր իր ջոկատի կողքին ոգեւորելով տղաներուն:

«Զինուորին չի կարելի զոհաբերել, նրա համար թէ հողակտոր է ազատագրում: Բոլոր նախագիծերը, յարձակումները, պաշտպանութիւնները կառուցէք այնպէս, որ հնարաւորինս զոհ չ՛ըլլայ», – կ՛ըսէր Ազգալդեանը: Անոր ստեղծած 300 հոգանոց ջոկատը ի սկզբանէ յայտնի էր գիտակցական կարգապահութեամբ. զինուորն ինքն կը հասկնար իր կարգապահ ըլլալու կարեւորութիւնը:

Լեոնիդի հրամանատարութեամբ Արցախի մէջ 27 բնակավայր ազատագրուեր է՝ այդ ընթացքին ունենալով վեց զոհ, եօթերորդն ինքն էր: Լեոնիդ Ազգալդեանը ետմահու պարգեւատրուած է ՀՀ «Մարտական խաչ» առաջին աստիճանի շքանշանով,«Արցախի հերոս» ԼՂՀ բարձրագոյն կոչումով :