Le voyageur-archéologue européen Robert Kerr Porter a noté après avoir été à Jugha au début du 19e siècle. « Je n’exagère pas si je dis que des milliers de pierres tombales se sont démarquées dans ce lieu de repos de l’ancienne population arménienne. En effet, dans cette parcelle privée de l’Orient, divers souvenirs qui se présentent à l’esprit en permanence dictent l’idée que l’on se promène dans un vaste cimetière… » Après un voyage à Jugha en 1648, le voyageur Alexandre Rhodes, a enregistré qu’il y avait environ 10 000 khachkars bien conservés.
Trois siècles après Shah Abbas, une nouvelle main impitoyable vient également détruire le cimetière. Au XXe siècle, la région faisait partie de la Russie tsariste, et leur construction d’un chemin de fer (1903-1904) provoqua la destruction de nombreux khachkars, sur la colline de Jugha.
En 1914, après avoir été dans ce cimetière, le talentueux artiste M. Sarian a écrit : « A Julfa, nous avons regardé les brillants khachkars de Jugha. Et le chemin de fer traversait cette forêt de khachkars… les khachkars m’ont étonné par leur valeur artistique unique, leur incroyable variété de motifs et de rythme. En même temps, j’ai été choqué de voir que certains d’entre eux ont été détruits lors de la pose de la voie ferrée. »
En 1920-21, le Caucase du Sud est soviétisé par les armes, le Nakhitchevan et l’Artsakh sont annexés à Bakou. Il convient de noter que déjà à la fin du XXe siècle, le gouvernement de Bakou a décidé de détruire les khachkars arméniens et, en général, le patrimoine culturel arménien sur le territoire du Nakhitchevan. Sur ordre des autorités azerbaïdjanaises, la destruction du cimetière de Jugha a commencé en novembre 1998 et le génocide culturel a repris le 9 novembre 2002. Une partie des pierres en croix et des pierres tombales en forme est tombée au sol, et une partie s’est déplacée dans une direction inconnue. À l’automne de la même année, selon des photographies prises par des témoins oculaires de la rive iranienne de la rivière Araks, il ne restait pas une seule pierre dressée dans le cimetière.
Du 10 au 14 décembre 2005, sur ordre du gouvernement de Bakou, des unités des forces armées de Bakou ont finalement détruit le cimetière arménien de Jugha. La destruction du monument historique et culturel vieux de plusieurs siècles a été effectuée par environ 200 militaires des forces armées de Bakou, qui les ont transformés en décombres avec de lourds marteaux et des pioches et ont jeté les khachkars et les pierres tombales du cimetière de Jugha, qui restaient après la destruction de 1998-2002, dans la rivière Araks avec des camions.
Depuis le début du mois de mars 2006, un champ de tir a été construit pour les forces armées azerbaïdjanaises sur le territoire du cimetière, qui est un monument historique et culturel détruit.