Le 13 janvier 1990, des groupes d’azéries ont fait irruption dans les maisons des Arméniens, ont commencé à battre et à violer des gens, à jeter des gens par les fenêtres, à les tuer avec des barres de fer et des couteaux, à violer des femmes. 

De l’argent, des objets de valeur, des livrets de banque d’épargne et des documents d’appartement ont été confisqués à la population arménienne. Les massacres ont été soutenus par les forces de l’ordre, les employés du département de l’économie des services publics et les médecins ambulanciers. Le massacre a duré six jours, jusqu’à la nuit du 20 janvier, quand l’état d’urgence a finalement été déclaré dans la ville et que les chars soviétiques sont entrés à Bakou. Après les massacres du 13 au 19 janvier 1990, Bakou a été vidé des Arméniens, (environ 250 000 Arméniens) ont été tués, des milliers d’Arméniens ont disparu. Le 17 janvier 1990, le Parlement européen a adopté une résolution appelant le Comité des Ministres des Affaires étrangères et le Conseil de l’Europe à protéger les Arméniens des actions illégales du gouvernement soviétique et à demander une assistance immédiate à l’Arménie et  l’Artsakh.