Եվրոպացի ճանապարհորդ-հնագետ Ռոբերտ Կեր Փորտըրը 19-րդ դարի սկզբներին Ջուղայում լինելուց հետո նշել է. «Ես չափազանցրած չեմ լինի, եթե ասեմ, որ հազարավոր գերեզմանաքարեր աչքի էին ընկնում հայկական հին ցեղի այս հանգստարանում։ Հիրավի, Արևելքի այս մասնավոր հողամասում զանազան հիշողություններ, որ ներկայանում են մտքին, հարատևորեն թելադրում են այն գաղափարը, թե մարդ քայլում է մի լայնածավալ գերեզմանոցում…»։Ջուղայի տեղահանությունից հետո՝ 1648 թ., ճանապարհորդ Ալեքսանդր Ռոդեսը, անցնելով Ջուղայով, արձանագրել է, որ այդտեղ կանգուն է եղել շուրջ 10 հազար լավ պահպանված խաչքար։
Շահ Աբասից երեք դար հետո գալիս է մի նոր, անգութ ձեռք՝ նաև գերեզմանոցն ավերելու։ 20-րդ դարում տարածաշրջանը գտնվում էր ցարական Ռուսաստանի կազմում, և նրանց կողմից երկաթգծի կառուցումը (1903-1904 թթ.)՝ պատճառ հանդիսացավ բազմաթիվ խաչքարերի ոչնչացման «Եվ…ականների խլացուցիչ պայթյունները նայողին կարծել են տալիս, որ դա երկրորդ փոթորիկն է, որ պայթում է Հին Ջուղայի գլխին»։
1914 թ.-ին մեծատաղանդ նկարիչ Մ. Սարյանը այս գերեզմանատանը լինելուց հետո գրել է. «Ջուլֆայում նայեցինք Ջուղայի հանճարեղ խաչքարերը։ Եվ խաչքարերի այդ անտառի միջով անցնում էր երկաթուղին… խաչքարերն ինձ ապշեցրին իրենց անկրկնելի գեղարվեստական արժեքով, մոտիվների զարմանահրաշ բազմազանությամբ ու ռիթմով։ Միաժամանակ ցնցված էի՝ տեսնելով, որ նրանց մի մասը ոչնչացվել են երկաթուղին անցկացնելու ժամանակ»։
1920-21 թթ․Հարավային Կովկասը զենքի ուժով խորհրդայնացվեց, իսկ Նախիջևանը և Արցախը բռնակցվեցին Բաքվին։ Հարկ է նշել,որ արդեն 20-րդ դարի վերջին Բաքվի իշխանությունը վերջնական ձեռնամուխ եղավ Նախիջևանի տարածքում հայկական խաչքարերը և, ընդհանրապես, հայկական մշակութային ժառանգությունները ոչնչացնելու ուղղությամբ։ Ադրբեջանի իշխանությունների հրահանգով 1998 թվականի նոյեմբերին սկսվեց Ջուղայի գերեզմանատան ոչնչացումը, իսկ 2002 թվականի նոյեմբերի 9-ից վերսկսվեց մշակութային ցեղասպանությունը։ Խաչքարերի ու խոյակերպ տապանաքարերի մի մասը տապալվեց գետնին, մի մասն էլ տեղափոխվեց անհայտ ուղղությամբ: Նույն թվականի աշնանը, Արաքս գետի իրանական ափից ականատեսների կողմից կատարած լուսանկարների համաձայն, գերեզմանատանը ոչ մի կանգուն խարքար չէր մնացել:
2005 թվականի դեկտեմբերի 10-14-ին, Բաքվի կառավարության հրահանգով, Բաքվի զինված ուժերի ստորաբաժանումները վերջնականապես ոչնչացրեցին Ջուղայի հայկական գերեզմանատունը: Պատմամշակութային բազմադարյա հուշարձանի ավերումը տեղի ունեցավ Բաքվի զինված ուժերի շուրջ 200 զինծառայողների կողմից, որոնք ծանր մուրճերով ու քլունգներով խճազանգվածի վերածեցին և բեռնատար մեքենաներով Արաքս գետը թափեցին Ջուղայի գերեզմանատան այն խաչքարերն ու տապանաքարերը, որոնք դեռևս մնացել էին 1998-2002 թվականների ավերումից հետո:
2006 թվականի մարտի սկզբից ոչնչացված պատմամշակութային հուշարձան հանդիսացող գերեզմանատան տարածքում Ադրբեջանի զինված ուժերի համար կառուցվեց հրաձգարան։