Շահեն Մեղրյանը ծնվել է 1952 թ. հունվարի 2-ին Շահումյանի շրջանի Գյուլիստան գյուղում։ Գերազանց ավարտելով միջնակարգ դպրոցը՝ 1969 թ. ընդունվել է ԵՊՀ տնտեսագիտության ֆակուլտետ։ 1975 թ. ավարտել է համալսարանը և վերադարձել Շահումյանի շրջան։ Աշխատել է որպես տնտեսագետ, շրջանի կոմերիտմիության առաջին քարտուղար։ 1981-1988 թթ. եղել է պահածոների գործարանի տնօրեն, 1988-1991 թթ.` Ագրոարդյունաբերության վարչության պետ, 1991-1992 թթ. շրջանի շրջկոմի նախագահ և առաջին քարտուղար:

 Շահեն Մեղրյանն առաջիններից էր, որ սկսել է կազմակերպել զինված ջոկատներ: 1991 թվականին, «Օղակ» օպերացիայից հետո, թշնամին գրավեց Էրքեջ, Բուզլուխ, Մանաշիդ գյուղերը։ Սեպտեմբերին Շահեն Մեղրյանը կազմակերպեց հատուկ օպերացիա, որի արդյունքում սեպտեմբերի 11-13-ին ազատագրվեցին երեք գյուղերը։

1992 թ.հունիսին Շահեն Մեղրյանը Հաթերք գյուղում հավաքեց 25 հոգանոց ջոկատ եւ մտավ թշնամու թիկունք։ Հայդուկների անմիջական օգնությամբ ազատագրվեցին Մարտակերտի մի շարք գյուղեր՝ Հաթերքը, Ակնաբերդը, Մատաղիսը, Տոնաշենը, Դաստագիրը, Սարսանգի ջրամբարը: 1993 թ. մարտի 11-ին ՀՀ ՊՆ կողմից ստեղծվեց զորամաս, որի հրամանատար նշանակվեց Շահեն Մեղրյանը։ 

1992թ.-ից ադրբեջանական ուժերի վերահսկողության տակ անցած Շահումյանի շրջանում՝ թշնամու խորը թիկունքում, Մեղրյանի մտահղացմամբ ու նախաձեռնությամբ իրականացվել է Արցախյան ազատամարտի ընթացքում աննախադեպ ու ծավալուն պարտիզանական պայքար: Շահումյանի անտառներում գործող հայկական ուժերը՝ «Եղնիկները», ոչ միայն լուրջ խնդիրներ էին ստեղծում թշնամու համար, այլեւ, շատերի համոզմամբ, ի վերջո կարող էին ազատագրել ամբողջ շրջանը:

1993թ. ապրիլին, խոցվեց ուղղաթիռը, որում Շահեն Մեղրյանն ու նրա զինակիցներն էին: Հրամանատարի զոհվելուց հետո պարտիզանների մի մասը շարունակեց պայքարը, նույնիսկ եղան որոշ հաջողություններ, բայց Շահումյանի շրջանն, այնուամենայնիվ, չազատագրվեց: