«Աղթամար» անվանումը հայկական ծագում ունի և կապվում է Թամար թագուհու հետ, ով Գագիկ Արծրունի թագավորի կինն էր: Թամարը Բագրատունյաց Աշոտ Ա-ի որդի Շապուհի դուստրն էր, և պատմական աղբյուրներում նշվում է որպես այդ ժամանակվա կարևոր կանանցից մեկը:
«Աղթամար» անվան ամենահին գրառումը հանդիպում է 5-րդ դարի սկզբում, Փավստոս Բյուզանդի «Հայոց պատմության» մեջ: Այստեղ նշվում է, որ «Աղթամար» անվանումով կղզին կարևոր դեր է ունեցել այն ժամանակների ռազմավարական և քաղաքական իրադարձությունների մեջ:
Ախթամարի Սուրբ Խաչ եկեղեցին կառուցվել է 10-րդ դարում՝ Գագիկ Արծրունու նախաձեռնությամբ: Այդ ժամանակ կղզին դարձել է Վասպուրականի Արծրունիների իշխանության կենտրոնը: Եկեղեցին հայտնի է իր գեղեցիկ ճարտարապետությամբ և պատմական կարևորությամբ:
1980-ականներին Թուրքիայի կողմից Օկուպացված Արեւմտյան Հայաստան Ախթամարը անվանափոխվեց «Աքդամար», ինչը հայկական ժառանգության աղճատում է:
Այսօր Ախթամարը հայ ժողովրդի պատմության և մշակույթի անբաժանելի մասն է: