1920 թվականին, Շուշիի հայկական ջարդերից հետո, քաղաքի բազմաթիվ հայկական սրբավայրեր ենթարկվեցին թալանի և ավերման։ Այդ ճակատագրին արժանացավ նաև Շուշիի հայտնի Մեղրեցոց եկեղեցին, որը հանդիսանում էր քաղաքի 11 հայկական եկեղեցիներից մեկը։
Պահպանված լուսանկարներում երևում է եկեղեցին՝ արդեն կողոպտված և վնասված վիճակում։ Շուշիի ողբերգական դեպքերից հետո հայկական թաղամասերի հետ միասին հարվածի տակ հայտնվեցին նաև քաղաքի մշակութային և հոգևոր կոթողները։
Մեղրեցոց եկեղեցին երկար տարիներ մնաց կիսավեր վիճակում, իսկ հետագայում՝ 1970-ականներին, վերջնականապես ոչնչացվեց Բաքվի խորհրդային ղեկավարության օրոք։ Հայկական աղբյուրներում նշվում է, որ եկեղեցու քանդումը իրականացվել է այն ժամանակվա իշխանությունների որոշմամբ։
Շուշին դարեր շարունակ եղել է Արցախի հայկական մշակույթի, կրթության և հոգևոր կյանքի կարևոր կենտրոններից մեկը։ Քաղաքի եկեղեցիները ոչ միայն աղոթավայրեր էին, այլև հայկական ինքնության ու պատմական ներկայության կենդանի վկաներ։
Այսօր Մեղրեցոց եկեղեցու պատմությունը շարունակում է հիշեցնել մշակութային ժառանգության պահպանության կարևորության և պատմական հիշողության պահպանման անհրաժեշտության մասին։