С первых дней арцахского движения Азгалдян был вовлечен в национально-освободительную борьбу. С февраля 1990 года — командующий «Армией независимости», организовал самооборону ряда регионов, особенно Вардениса.

Азгалдян полностью связал свою судьбу с Арцахской освободительной войной, действуя сначала в Геташен-Шаумянском, затем в Мартакертском районах. В июне 1991 года основал военную организацию «Армия освобождения».

Командир Леонид АЗГАЛДЯН так же думал о Западной Армении, он является преемником гордых добровольцев Киликии, сражавшихся за освобождение Киликии. С той лишь разницей, что командующий Леонид АЗГАЛДЯН не боролся ни за какое знамя, он боролся за освобождение армянского народа, исторической родины.

 Для солдат Леонид был авторитетом, уникальным командиром, который всегда поддерживал свой отряд и подбадривал мальчиков.

«Солдатом нельзя приносить в жертву так же, как освобождением участка земли. «Постройте все проекты, атаки, защиты, чтобы было как можно меньше жертв», — сказал Азгалдян. Созданный им отряд из 300 человек изначально отличался сознательной дисциплиной. Сам солдат понимал важность дисциплины.

Под командованием Леонида было освобождено 27 населенных пунктов в Арцахе, за это время погибли шесть человек, седьмой — он сам. Леонид Азгалдян посмертно награжден орденом РА «Боевой крест» первой степени, высшим званием «Герой Арцаха» НКР.