До начала 1980-х годов на вершине горы Ванкасар в полуразрушенном состоянии сохранялась церковь.

Своей древностью и архитектурными особенностями церковь привлекла внимание историков-архитекторов.

В советские годы церкви Ванкасара, была посвящена статья З. Ямпольского.

Упомянув о существовании армянской надписи ,отдавая дань амбициям  «ученых» Баку , Ямпольский совершенно необоснованно назвал церковь  “албанской”.

В ходе исследований 1986 года, проведенных Самвелом Карапетяном и архитектором А. Казаряном на северной стороне западного входа в церковь ,были обнаружены две надписи.

Помимо двух литографий, на сохранившихся стенах церкви можно увидеть также ряд других надписей.

В основном они двух типов : с армянскими шрифтами и изображениями.

Церковь Ванкасар пострадала во время Первой Арцахской войны, после освобождения Акны стало возможным исследовать и частично восстановить историко-культурные памятники территории.

Осенью 2011 года Управление туризма Арцаха провело  работы по очистке, укреплению .

Работы по частичному укреплению были завершены в январе 2012 года, на куполе церкви был установлен крест.

Разрушенная  западная часть была восстановлена. 20 ноября 2020 года церковь Ванкасар перешла под контроль Баку.